1939年初，海南岛陷落，日本《大东亚共荣圈》方案正式启步，蒋介石提出《国家至上，民族至上，军事第一，胜利第一，意志集中，力量集中》后，于1939年4月17日发表全国性广播，要求国民以必死决心，完成抗战建国大业，同时痛斥投降理论，决抗战到底。

随即国民政府展开南昌反攻战，并于汪精卫赴日后，正式通缉汪精卫。

同时，蒋介石颁布《限制异党活动办法》，此后中共被称为“奸党”，为一年多以后的皖南事变与国共不和埋下了伏笔。

1937年7月抗日战争爆发后,为求整合全部资源进行持久抗战，国民党几经组织变更，最终于1939年2月7日确定成立“国防最高委员会”，为抗日时期党政军一把抓的最高领导机构。

国防最高委员会将代行中央政治委员会之职，国民政府五院、军事委员会等都受国防最高委员会的指挥。该委员会设委员长一人，由国民党党总裁担任。根据规定，委员长对于党政军一切事务，得不依平时程序，“以命令为便宜之措施”，同时全国人民要以保甲为单位，宣誓服从委员长的领导。

时为国民党总裁的蒋介石自此变成了“蒋委员长”，成了抗日战争期间，甚至战后很长一段时间里，人们习惯的一个称呼。

1939年，日军占领武汉后，继续调集10万兵力进攻湖北随县、枣阳地区，先是遭遇被老百姓奉为“活关公”的张自忠迂回夹击，后来遇上第五战区李宗仁的全面反攻，激战3昼夜后，1939年5月18日，日军开始总退却，是为随枣战役。

这次会战，中国军队在兵力上占较大优势，且能协同配合，最后以伤亡2万余人的代价，毙伤日军1.3万余人，日军遗尸5000余具。

有人分析，武汉会战后，日军因兵力不足，只求巩固，不图扩大占领区，这场胜利并虽然只使日军返回原防，恢复战役前态势，但还是大大地提振了中国的军民士气。