义和团事变慈禧太后出逃一年后，于1901年10月6日启程返京。慈禧发卒数万人，带行李车3000辆，经河南、直隶回京，从西安出发，走了整整 3 个月。

返京途中，慈禧即下诏联固邦交，修明内政，兴利革弊，并命外务部择期觐见各国公使及公使夫人。入宫后的当日，慈禧即追赠珍妃贵妃位号。

慈禧批谕各地严禁传习白莲八卦等邪教，又将左副都御史何乃莹，侍讲学士彭清藜，编修王龙文，知府连文冲，以逢迎附和拳匪罪，均革职永不叙用。

同时，她命袁世凯参与政务处。

清朝末年，随着西方列强的不断入侵，中国民族危机空前加剧，在变法维新思想的推动下，“废科举兴学校”的潮流不可遏止。

继废止八股之后不到一个月，1901年8月2日，光绪皇帝进一步下令推动教育事业，并将全国各地书院分别改为大中小学堂。

除京师已设大学堂外，谕令更具体要求各省所有书院，于省城者均改设大学堂，各府及直隶州的改设中学堂，各州县的则改设小学堂，并要尽量多设蒙养学堂，即后来的初小。

一时之间，全国各地掀起书院改学堂的办学热潮，学制三年的山东大学堂，便是袁世凯奏请成立的最早新制大学之一。

被视为“九七国耻”的《辛丑条约》在义和团运动失败与八国联军攻入北京后，于1901年9月7日，由奕勖、李鸿章与英美等11国公使在北京签订。

该条约12款，主要内容包括中国赔款银4.5亿两，北京成立使馆区，界内不准中国人居住，外国军队驻守北京12个重要地区等。

其中象征所有中国人一人赔一两的“庚子赔款”将分39年还清，年息4厘，本息合计9.8亿两，以海关与盐政进款作抵押。

虽然后来各国陆续退还部分庚子赔款用于中国教育事业，《辛丑条约》仍是中国近代史上赔款数目最庞大的不平等条约。

李鸿章在条约上签名时三个字挤在一起，成了“肃”字模样，签字回来后再次因胃血管破裂大口吐血，两个月后病逝，终年78岁。