1999年7月22日，比尔盖茨宣布引入MSN Messenger服务，微软从此由电子邮箱迈向《即时通讯》，即所谓的IM, Instant Messenger系统；开通首周，MSN争取到70万用户。

即时通最早是三个以色列青年于1996年做出来的，取名ICQ，就是I seek you的谐音，意思是我找你。1998年当ICQ用户数达到1200万时，被AOL看中，以2.87亿美元的天价买走。

就在微软引入即时通的同一年，中国的QQ建成，并马上成为中国应用最广的即时通，令MSN 望尘莫及，但是二者之间总给人们一种“一般人用QQ，上班族用MSN”的印象。

许多人分析两者的优劣，似乎不相上下，最后只能归结出一个原因，就是那句耳熟能详的口头禅或带点斥责的口吻：上班不准打QQ！

1999年2月8日在北京，以6至16岁少年儿童为服务对象的功能性社团，中国少年科学院正式成立。

这个由共青团与全国少工委推动成立的少年科学院，强调以校外教育与丰富少年儿童课余生活为主，通过科技培训、科技实践、科技竞赛等活动，普及科技知识并发发掘培养优秀的少年科技人才。

类似国际上的未来科学家联谊会，在该院成立的当天，还为来自北京上海等地的13名少年颁发《中国少年科学院院士证书》，成为该院的首批小院士。

1999年，南斯拉夫社会主义联邦解体引发科索沃危机，北约开始对其大规模轰炸，1999年5月7日，中国驻南斯拉夫大使馆遭导弹袭击，20多名使馆人员受伤，3人死亡。

当天夜里，至少3枚导弹从不同方向直接命中使馆大楼，导弹从主楼 5层楼顶一直贯穿到地下室，馆内浓烟滚滚。

这个引起中国人愤怒的袭击被美方解释为误炸，四天后，美国总统克林顿公开道歉。

但是有人认为，这其实跟美国之前F-117隐型战机被击落有关，中国为了研究之用，收购了其中部分设备残骸，放在驻南斯拉夫大使馆地下室。